Мероприятия
Научные материалы
Продукты Биокодекс
НАУЧНО-ИНФОРМАЦИОННЫЙ ПОРТАЛ
Методы изучения микробиома влагалища
клинический пример
РЕЗЮМЕ
  • Микробное сообщество женских нижних половых путей различается по составу и плотности.
  • Микрофлора влагалища играет ключевую роль в репродуктивном цикле женщины, а нарушения в составе микрофлоры может приводить к нарушениям в иммунной защите и развитию патологий.
  • Изучение микрофлоры влагалища позволяет улучшить наше понимание о связи между микробиомом влагалища и патогенезом ряда заболеваний.
    Введение[1]
    Микрофлора влагалища влияет на течение беременности и родов, а также играет роль в репродуктивном цикле. Увеличение количества бактерий, продуцирующих молочную кислоту (виды Lactobacillus), утолщение многослойного эпителия влагалища и защитного слоя слизи являются результатом повышения уровней эстрогенов и гликогена в организме. Лактобактерии, особенно L. crispatus, L. jensenii, L. gasseri, L. iners, доминируют во влагалищной микрофлоре. Высокая доля этих видов во влагалищной микрофлоре ассоциируется со здоровым состоянием, тогда как низкая доля лактобактерий ассоциируется с различными патологиями.

    Понимание состава вагинальной микробиоты в норме может изменить наши подходы к лечению.
    Способы изучения микрофлоры влагалища[1]
    Для получения адекватных результатов необходимо свести к минимуму вероятность контаминации образцов. Кроме того, необходимо подойти к сбору образцов систематизированно, чтобы уменьшить риск изменчивости. После сбора образцы следует хранить в асептических условиях. Изменения в окружающей среде могут влиять на состав образца. Так, воздействие кислорода может стимулировать гибель анаэробов и вызвать размножение аэробов. В связи с этим необходимо контролировать и стандартизировать поток кислорода, рН и температуру при хранении и транспортировке образцов.

    Традиционно для исследования микрофлоры используют культуральные методы (Рисунок 1). Для анализа присутствия Lactobacillus можно использовать стандартизированные критерии, основанные на подсчёте баллов по шкале Ньюджента и критерии Амселя. Однако не все виды возможно адекватно изучить с помощью культуральных методов.

    Разработка и внедрение молекулярных методов изучения микрофлоры позволяют получить ценные данные о геномах микроорганизмов. Полногеномный метагеномный анализ позволяет изучить геномную ДНК после секвенирование, тогда как секвенирование маркерного гена нацелено на секвенирование определённого локуса во всех геномах.

    Экстракция ДНК из микроорганизмов включает лизис клеток, очистка образца от макромолекул, не являющихся ДНК, а также очистку ДНК. Выбор конкретного метода зависит от предполагаемого состава образца: слишком жёсткий метод выделения ДНК приведёт к дроблению молекулы на мелкие фрагменты, что серьёзно затруднит анализ данных. При выборе праймеров для ПЦР также необходимо учитывать ряд факторов, в том числе уровень селективности праймеров.

    Новые высокопроизводительные методы секвенирования NGS позволили изучать микробиоту в беспрецедентных масштабах. Благодаря NGS исследователи могут изучить активно транскрибируемые рибосомные и информационные РНК микроорганизменного сообщества.

    После получения информации о последовательностях ДНК их необходимо интерпретировать и исследовать. Современные биоинформатические подходы позволяют анализировать большие объёмы данных, позволяя изучать вагинальный микробиом на метагеномном уровне.
    Рисунок 1. Рабочий процесс высокопроизводительного секвенирования от сбора образцов до филогенетического анализа [1]
    Заключение
    Вагинальная микробиота играет ключевую роль в физиологических и патогенетических процессах, происходящих во влагалище. Необходимо приложить усилия для выявления тех видов микрофлоры влагалища, которые считаются непригодными для культивирования. Разработка молекулярных методов изучения микробиома играет решающее значение для достижения этой цели.
    Использованные источники:
    1. Sharma M, Chopra C, Mehta M, Sharma V, Mallubhotla S, Sistla S, et al. An insight into vaginal microbiome techniques. Vol. 11, Life. MDPI; 2021. p. 1229.
    Дата публикации: 26.08.22
    < Предыдущая